研究所目前下設機構有專家顧問委員會、調研中心、咨詢策劃部、信息中心、投融資部、人力資源部、項目合作辦公室、《吉林政務商務指南》編輯部等職能部門。各個部門都具有自己清晰的部門職能,分別在所轄職能領域充分發揮著部門自身的職能,為推動研究所的不斷發展貢獻自己的力量。